Время действия первой: пять дней в январе 1982 года, место действия: Москва, СССР. Главный герой — немолодой писатель Феликс Александрович Сорокин, член Союза писателей СССР. К нему, в числе других членов этой организации, обратился секретариат Союза писателей с просьбой сдать для научных исследований образец их литературного творчества — несколько страниц любого текста — с целью исследования в области теории информации. Какими бы ни были цели научных изысканий — это оценка творчества Феликса Сорокина и ответственный момент в писательской жизни.
Феликс Сорокин начинает разбирать свой архив, желая подобрать что-либо подходящее для запроса. Перечитывая архив, писатель погружается в воспоминания, разбирая давно заброшенные и полузабытые рукописи. Дело доходит и до Синей Папки. Так Сорокин называет своё сокровенное произведение, которое пишет много лет «в стол».
Дилемма для Сорокина — не отдать ли исследователям Синюю Папку? Дело в том, что среди его коллег уже прошёл слух, что под исследованием в области теории информации скрываются испытания уникальной компьютерной программы, которая якобы может беспристрастно оценить степень талантливости произведения. Здесь Феликс Сорокин вспоминает рассказ Акутагавы Рюноске «Мензура Зоили», навеявший подобный сюжет.
Феликс Сорокин боится за свою Синюю Папку — а вдруг главный труд его жизни на поверку окажется заурядной писаниной графомана — и несёт на исследования какие-то проходные переводы технических текстов.
Испытания программы происходят в «Институте лингвистических исследований АН СССР» (вымышленном авторами). Как выясняется, программа, которая оценивает текст писателей, на самом деле оценивает так называемое НКЧТ (наивероятнейшее количество читателей текста), которое, вообще говоря, к художественной ценности текста имеет косвенное отношение. В качестве примера авторы программы дают ей на вход передовицу «Правды» и, как результат, получают семизначное число.
В лаборатории Феликс сталкивается с безымянным учёным, который намекает, что знает о существовании Синей Папки (хотя Сорокин хранит существование произведения в тайне).
На следующий день после посещения института Сорокин опять сталкивается с этим учёным, но уже в ресторане Союза писателей. Концовка романа метафорична. Загадочный учёный принимает облик и имя Михаила Афанасьевича (Булгакова), любимого писателя Сорокина, словно наблюдающего свыше за судьбой писателя. Михаил Афанасьевич объясняет Сорокину, что же главное в творчестве. "Поймите, Феликс Александрович, нет мне никакого дела ни до ваших внутренних борений, ни до вашего душевного смятения, ни до вашего, простите меня, самолюбования. Единственное, что меня интересует, — это ваша Синяя Папка, чтобы роман ваш был написан и закончен. А как вы это сделаете, какой ценой — я не литературовед и не биограф ваш, это, право же, мне не интересно."
Вторая сюжетная линия: история, рассказанная в Синей папке. Главный герой — Виктор Банев, тоже писатель, живёт в абстрактном тоталитарном государстве. Он вернулся в родной город, где происходят таинственные события.