Самый известный фрагмент оратории — хор «Аллилуйя», который завершает вторую из трёх частей. Текст взят из трёх стихов Апокалипсиса:
И слышал я как бы голос многочисленного народа, как бы шум вод многих, как бы голос громов сильных, говорящих: аллилуия! ибо воцарился Господь Бог Вседержитель. [Откр. 19:6] И седьмой Ангел вострубил, и раздались на небе громкие голоса, говорящие: царство мира соделалось царством Господа нашего и Христа Его, и будет царствовать во веки веков. [Откр. 11:15] На одежде и на бедре Его написано имя: «Царь царей и Господь господствующих». [Откр. 19:16] Во многих странах мира принято вставать во время исполнения этой части. Традиция восходит к эпизоду, когда король Великобритании Георг II был так потрясён музыкой, что вскочил на ноги. Как и ныне, когда король стоит, стоят и все присутствующие. Однако сейчас эта история не считается достоверной: король мог и вовсе не присутствовать на премьере.
Люди, не знакомые с произведением, иногда уходят после этого номера, полагая, что это конец оратории, в то время как «Аллилуйя», как было сказано выше, просто завершает вторую из трёх частей произведения.