Перечитываю сейчас стихи Бориса Корнилова, — сколько в них силы и таланта! Он был моим первым мужчиной, моим мужем и отцом моего первого ребёнка, Ирки. Завтра ровно пять лет со дня её смерти. Борис в концлагере, а может быть, погиб. — Из дневниковой записи Ольги Берггольц от 13 марта 1941 года
В октябре 1936 года исключён из Союза советских писателей. 19 марта 1937 года Корнилова арестовали в Ленинграде.
20 февраля 1938 года Выездной сессией Военной Коллегии Верховного Суда СССР под председательством корвоенюриста Матулевича Корнилов был приговорен к исключительной мере наказания. В приговоре содержится следующая формулировка: «Корнилов с 1930 г. являлся активным участником антисоветской, троцкистской организации, ставившей своей задачей террористические методы борьбы против руководителей партии и правительства».
Приговор приведен в исполнение 20 февраля 1938 г. в Ленинграде.
Посмертно реабилитирован 5 января 1957 года «за отсутствием состава преступления».