Преподобный Арсений Икалтойский происходил из грузинского княжеского рода Вачнадзе. Он родился в Кахетии (Восточная Грузия), по некоторым данным, в селении Икалто. Воспитанный благочестивыми родителями, преподобный Арсений с детства отличался любовью к церковным службам и молитве. Духовное образование он получил в Константинопольской академии, где глубоко изучил не только богословие, но и естественные науки.
По окончании академии принял монашество и нес послушание в одном из грузинских монастырей Черной горы (близ Антиохии) под руководством святого Ефрема Мцире († 1101; память 18/31 января). Здесь преподобный Арсений ревностно занимался богословской и переводческой деятельностью, исследуя, в частности, причины отпадения нехалкидонских Церквей от Православия.
Ему принадлежит перевод на грузинский язык «Великого Номоканона» святого Фотия, патриарха Константинопольского (857—867, 877—886 гг.), «Золотого нектара» святого Иоанна Дамаскина, а также составление сборника переводных трудов «Догматикон» с комментариями, направленными против различных еретических учений. После кончины своего наставника преподобный Арсений вернулся в Константинополь и продолжал свои ученые труды.
Отстаивая чистоту Православия, преподобный Арсений стяжал еще при жизни славу ученого-энциклопедиста (богослова, философа, филолога, логика, физика, анатома, поэта). По приглашению грузинского царя Давида III Возобновителя (1089—1125) (сведения о нем помещены под 26 января/8 февраля) он вернулся в Грузию в 1114 году и некоторое время преподавал в Гелатской академии (Западная Грузия). Затем в 1114—1120 гг. преподобный Арсений возглавил основанную при его деятельном участии Икалтойскую академию (у себя на родине в селении Икалто, при монастыре Нерукотворного Образа). В этой академии, по преданию, учился великий грузинский поэт Шота Руставели.
Преподобный Арсений был одним из инициаторов и деятельнейшим участником церковного Собора в армянском городе Ани, под его влиянием часть армянских епископов-монофизитов склонилась к принятию Православия. В течение многих лет преподобный Арсений являлся духовником святого благоверного царя Давида III Возобновителя и своими благими советами всемерно содействовал процветанию Грузинской Церкви. Его проницательность и духовная мудрость, чистота и праведность жизни свято чтутся Грузинской Православной Церковью. Память преподобного Арсения Икалтойского совершается 6/19 февраля, в день его блаженной кончины.