Картина 1 Народ толпится у высоких стен Новодевичьего монастыря в Москве. Здесь затворился боярин Борис Годунов после смерти царя Федора, не оставившего наследника. Избрание Бориса на царство предрешено, но он медлит с согласием, чтобы отвести от себя подозрения в захвате власти.
По приказу пристава народ упрашивает Годунова принять избрание на царство: «На кого ты нас покидаешь, отец наш! На кого ты нас оставляешь, родимый!» Но думный дьяк Щелкалов возвещает, что боярин неумолим.
Картина 2 Площадь перед Успенским собором в Кремле. Величавый перезвон колоколов — Борис дал согласие и венчается на царство. Но нерадостен Борис, он в тревоге: «Скорбит душа, Какой-то страх невольный зловещим предчувствием сковал мне сердце...» А в Кремле величаво гудят колокола, и гремит «слава!» Борису Годунову.
Действие I Картина 1 Глубокая ночь. Тихая келья в Чудовом монастыре. При свете лампады умудренный жизнью монах Пимен пишет правдивую летопись государства Российского. Пимен раскрывает в своей летописи тайну убийства Борисом Годуновым царевича Димитрия, стоявшего на его пути к трону. Просыпается Григорий, молодой инок, живущий в одной келье с Пименом. Он слышит рассказ старца, и буря страстей, тщеславных желаний врывается в тишину ночи.
У Григория зарождается мысль назваться царевичем и начать борьбу против Бориса за престол: «Борис! Борис! Все пред тобой трепещет, никто не смеет и напомнить о жребии несчастного младенца... А между тем отшельник в темной келье здесь на тебя донос ужасный пишет. И не уйдешь ты от суда людского, как не уйдешь от божьего суда!»
Картина 2 Корчма на литовской границе. Сюда, к веселой разбитной хозяйке, забрели трое бродяг — беглых монахов: Варлаам, Мисаил и Григорий. Варлаам, пьяница и чревоугодник, поет песню о взятии Казани. Григорий расспрашивает хозяйку, как пробраться в Литву. В корчму входит пристав, ищущий по царскому указу беглого монаха — Григория Отрепьева. Григорий после неудачной попытки отвести от себя подозрения, среди общей сумятицы прыгает в окно и скрывается.
Действие II Картина 3 Царский терем в Кремле. Царевич Федор рассматривает «Книгу большого чертежа» — первую карту России. Дочь Бориса Ксения тоскует над портретом умершего жениха — датского королевича. Стремясь развеселить ее, старая мамка рассказывает смешную присказку. Входит Борис, ласково беседует с детьми, любуется сыном, изучающим книжную премудрость. Но тоска преследует его и здесь, в кругу семьи. Страшный голод посетил Русь. «Словно дикий зверь, бродит люд зачумленный», виною всех бед народ называет царя — «на площадях клянут имя Бориса».
Из самой глубины сердца вырываются, как стон, признанья царя: «Окрест лишь тьма и мрак непроглядный, хотя мелькнул бы луч отрады!.. Какой-то трепет тайный, все ждешь чего-то!..» Приходит боярин Шуйский, лукавый царедворец, глава крамольных бояр. Он приносит страшную весть: в Литве появился самозванец, присвоивший имя царевича Димитрия. Король, паны и римский папа — за него. Борис заклинает Шуйского сказать правду: подлинно ли ребенок, погибший в городе Угличе, был царевич Димитрий.
Шуйский, наслаждаясь мукой царя, описывает глубокую страшную рану на шее царевича, предсмертную улыбку на его устах... «Казалось, в своей он колыбельке Спокойно спит...» Шуйский удаляется. Борису мерещится призрак убитого Димитрия.
Действие III Картина 4 Бал в саду Сандомирского воеводы Мнишека. Польские паны готовятся к походу на Москву. Они хотят посадить на московский престол своего ставленника — объявившегося в Польше самозванца. За чудом спасшегося царевича Димитрия выдает себя беглый инок Чудова монастыря Григорий. Панам поможет честолюбивая дочь воеводы — красавица Марина, мечтающая стать женой будущего властителя России.
Наступает долгожданная встреча влюбившегося в Марину самозванца и польской красавицы. Однако сухая, расчетливая речь Марины, ее ничем неприкрытое стремление к царской власти на минуту отталкивают самозванца. Поняв это, Марина покоряет его притворными уверениями в нежной любви. Иезуит Рангони торжествует.
Картина 5 Раннее зимнее утро. Площадь перед собором Василия Блаженного в Москве. Толпа голодного люда толкует о победах самозванца над войсками Бориса. Прибегает юродивый. Мальчишки окружают его и отнимают копеечку. Из собора выходит царь. «Хлеба, хлеба! Дай голодным хлеба, хлеба! Хлеба подай нам, батюшка, Христа ради» — кричит народ. Обиженный мальчишками юродивый обращается к царю: «Вели-ка зарезать, как ты зарезал маленького царевича».
Борис не дает боярам схватить юродивого: «Не троньте! Молись за меня, блаженный...» Но юродивый отвечает: «Нет, Борис! Нельзя, нельзя, Борис! Нельзя молиться за царя Ирода: Богородица не велит...»
Действие IV Картина 6 Лесная прогалина под Кромами. Ночь. Восставшие крестьяне приводят захваченного кромского воеводу. Народ насмешливо «величает» царского слугу-боярина, припоминая ему все свои обиды: «Честь почести ты нас поваживал, В бурю-непогодь, да в бездорожье а ребятках на