Иван Васильевич Малышев родился в 1891 году в деревне Острово Богородского уезда Московской губернии и происходил из крестьянской семьи. Образование он получил в сельской школе. С началом первой мировой войны будущий мученик был мобилизован в армию, где служил рядовым до 1917 года. В 1918 году он был мобилизован в Красную Армию, где до 1921 года служил фуражиром. В 20-х годах XX века Иван Васильевич переехал с семьей в Москву. Он работал электриком на заводе «Серп и молот» и, одновременно, был активным членом прихода храма во имя преподобного Сергия Радонежского в Рогожской слободе. С декабря 1937 года Иван Мылышев являлся членом церковной двадцатки.
26 апреля 1938 года Иван Васильевич был арестован по обвинению в «контрреволюционной фашистской агитации» и заключен в Бутырскую тюрьму. Во время обыска у него были найдены дореволюционные пластинки с церковными песнопениями и гимном «Боже, Царя храни!», которые были расценены как «контрреволюционные» и «церковно-монархические». Виновным в «контрреволюционной агитации» Иван Васильевич себя не признал. 27 июля 1938 года особым совещанием при НКВД СССР Иван Васильевич Малышев был приговорен к 5 годам заключения в ИТЛ. Отбывал наказание он на Колыме в Северо-Восточном ИТЛ, где работал на лагпункте прииска «Фролыч» (по названию одноименного ручья, ныне Сусуманский район Магаданской области). Не вынеся лишений, Иван Васильевич скончался 19 января 1940 года и был погребен в безвестной могиле. Имя мученика Иоанна было включено в Собор новомучеников и исповедников Российских определением Священного Синода от 7 мая 2003 года.
По материалам Православной Энциклопедии. Т.23, С.320.